El Consejo de Delegados es un Consejo Asesor sobre los diversos temas de investigación científica de la UNJu. Entre otras actividades destacadas se encuentra el vínculo que realiza entre la secretaría y los docentes-investigadores de la universidad, con la difusión y apoyo logístico a las actividades de la SeCTER. Está integrado por los representantes ante la Secretaría de las Unidades Académicas e Institutos de Investigación, también participan del Consejo los Secretarios de Ciencia y Técnica de las Facultades.